毒气释放过后的东京各个地铁列车和地铁站台现场一片狼藉，遍地是受伤的人，哭叫声响成一片。
根据一位幸存者回忆现场的惨状：地铁列车进站的时候，就感到车厢里边气氛有点不对头，但又说不出什么太特别的地方，犹豫一下后就挤进了车厢，不一会儿发现有个男人耷拉着脑袋，满脸通红，手死死地攥着吊环，全身好像有气无力的样子。
脚底下湿漉漉的，不知什么时候是谁洒漏了液状的东西，我无意识地用脚踩了一下，粘糊糊的，好像不是什么普通的液体。
地铁没开多远，只听叭嗒一声，刚才的那个男人倒在了地上，不知为什么我的眼睛也开始模糊起来了，不一会儿变得一片漆黑，嗓子里好像长着什么东西，呼吸感到十分困难……
几乎是同时，车厢里响起了可怕的哭叫声，失去理智的人们本能地向自己认为是车门的方向冲去……
东京地铁毒气事件发生后，东瀛警察得到消息后立即封锁车站，抢救伤员，疏散乘客，东京消防队和医疗救护队迅速赶到现场，身着防护衣的救援人员立即将中毒人员送往医院。
防化专家乘直升飞机赶到现场采样，万余名军警封锁现场、疏散人员，警方立即关闭了三条地铁线，二十六个车站，整个东京的交通陷入一片混乱。
经过两个半小时的侦检分析，确认为沙林毒气中毒，沙林毒气是第二次世界大战中由研制出来的，它能破坏神经系统，使受害者窒息，最后因心脏和呼吸系统衰竭而死，这种毒气一般人是不可能弄到的。
在毒气事件发生三个小时后，政府已经出版了宣传印刷品来稳定人们的情绪，同时组成一百多人的防化部队对列车和车站的有毒物质进行清除。
东京警方通过沙林毒气这个线索，联系到此前发生的一连串毒气事件，判定这个事件与奥姆教有关。
两天之后，警方封锁了富士山脚下的奥姆教总部，对奥姆教采取了行动。
两千多名警察和自卫队防化部队包围了上九一色村的奥姆教工厂，用焊枪打开了三座大库房，发现了各种化学药品和仪器，俨然是一座化学工厂，有制造沙林的初级原料，还有多个比煤气罐大得多的金属密封桶，里面装着可以稀释沙林的溶剂和其他化学制品。
警方搜查了多处场所，初步确定了奥姆教与地铁惨案的关系，奥姆教的一些头目也陆续落网。
然而奥姆教信徒依旧反扑，当时负责调查此案的警视厅官员国松孝次遭遇蒙面枪手袭击，身受重伤，一个月后东瀛横滨站再次遭到沙林毒气侵袭，近四百人送入医院。
东瀛警察厅下令在全国范围内搜捕奥姆教教主麻原，警方发现了麻原的行踪后，于五月十六日派遣几百名头戴钢盔全副武装的警察奔赴上九一色村抓捕麻原。
警察用焊枪烧开奥姆教总部的大门，进行全面搜查，当拆开第六奥姆堂二层与三层之间有一尺多厚的密室厚板时，发现麻原正藏在这个密室之中。